Поступает партия товара по новой ценой, при установке розничных цен пересчитывается цена на весь товар, который был на остатке и который поступил только что, это правильно?

Да, это правильно. При установке розчниных цен, у вас пересчитывается весь товар, который есть на остатке.
Из документа "Установка цен" вам необходимо сформировать печатную форму "Переоценка товара". В данной печатной форме Вы можете увидеть, какой товар у вас переоценился и в какую сторону: в сторону прихода или в сторону расхода.