Пытаемся провести документ Уведомление о выдаче ЛП, но выдает ошибку: остаток упаковки [номер упаковки] меньше требуемого. Возможно, в информационной базе упаковка (или ее часть) была выведена из оборота ранее. Но мы ничего не выводили. Как быть?

Такая ошибка могла возникнуть в том случае, если Вы уже пытались вывести из оборота указанные упаковки другим уведомлением, но оно по какой-то причине не прошло, вывод не был завершен.
В этом случае программа фиксирует их в регистре сведений Реестр выбытия упаковок МДЛП до подтверждения со стороны ИС МДЛП вывода из оборота.
Проверьте, есть ли эти упаковки в этом регистре.
Если Вы хотите выводить их из оборота новым уведомлением, то предварительно удалите их из этого регистра.