Для каждого первичного документа в БГУ нужно создавать отдельный маршрут в настройке внутреннего ЭДО?

Не обязательно. Можно сгруппировать все документы по принципу: Одинаковые подписанты и одинаковый метод подписания (Все одновременно, Все по очереди, Любой). Необходимо создать столько маршрутов сколько получится вариантов Подписанты-Метод подписания. Один и тот же маршрут можно (и нужно) устанавливать для различных документов.