Можно ли в одном УПД отгружать разные товарные группы маркированной продукции?

Можно, но не все
Например, группы Табачная продукция+Альтернативная продукция отражать в одном УПД можно. А Обувные товары и Табачная продукция нельзя
В тоже время допустимо сочетание немаркированных и маркированных позиций в одной УПД
Перечень допустимых сочетаний представлен в Методических рекомендациях по описанию сведений о передаче маркированных товаров при оформлении электронных документов для уведомления ГИС МТ об обороте маркированной продукции