Можно ли учитывать командировки в конфигурации 1С:Управление Торговлей?(УТ)

Да, необходимо предварительно включить функциональную опцию Заявки на командировку в настройке раздела Казначейство и взаиморасчеты. Далее заявки на командировку можно найти в разеделе Казначейство в подразделе Подотчетники.

Из заявки на командировку предусмотрено создание Авансового отчета, а так же электронного билета на основании данных веденных в документе.