Можно ли будет вернуть переплату по ЕНП?

Да, можно.

Вернуть переплату можно на основании заявление о возврате (КНД 1112542) Заявление о возврате налогоплательщик может подать в налоговый орган по месту своего учета следующими способами:

-на бумаге;

-в электронной форме по ТКС, подписав усиленной квалифицированной электронной подписью (в разделе- Уведомления-ЕНП);

-в электронной форме через личный кабинет налогоплательщика, подписав электронной подписью налогоплательщика;

-в составе налоговой декларации 3-НДФЛ.

Если положительное сальдо ЕНС меньше суммы, заявленной к возврату, то деньги вернут в пределах положительного остатка.

Более подробно: https://its.1c.ru/db/taxenp/content/8/hdoc https://www.nalog.gov.ru/rn77/ens/