Маркировка бадов будет реализована как маркировка лекарственных препаратов?

Нет, оборот лекарственных препаратов осуществляется в системе ФГИС МДЛП. В соответствии  с законодательством лекарственными препаратами являются лекарственными средствами в виде лекарственных форм, применяемых для профилактики, диагностики, лечения заболевания, реабилитации, для сохранения, предотвращения или прерывания беременности. Бадами же являются природные (идентичные природным) биологически активные вещества, предназначенные для употребления одновременно с пищей или введения в состав пищевых продуктов.

Соотвественно, маркировка бадов будет осуществляться через систему ГИС МТ