Работаем в 1С розница 3.0. Ведем учет по двум организациям, но почему-то отчете по товарам не видим разделение товаров по организациям.

У Вас включена настрока "Учет по компании в целом". Раздел Настройка - Еще больше возможностей-Компания
При установленном флаге «Учет по компании в целом» отчеты по остаткам товаров, по движению денежных средств, по доходам и расходам формируется только в целом по компании без детализации по организациям.