Почему у сотрудника, который уволен, произведены все расчеты и стоит соответствующая пометка, в справке стоит неверная сумма НДФЛ?

Флажок "Не отображать в списках, все взиморасчеты завершены" не влияет на правильность расчета НДФЛ по сотруднику. Если по сотруднику выполнялись перерасчеты, перезаполнялись или перепроводилсь ведомости на выплату, суммы доходов и НДФЛ в справке моготу меняться.