Почему после обновления многие КПС помечаются на удаление в казенном учреждении, почему?

Если обновляется БК в программе с помощью federal.clax., то могут быть помечены на удаление целевые статьи, котоые уже прекратили действие, поэтому и помечен КПС.

Если нужно снять пометку на удаление с КПС, снимите пометку на удаление со всех входящих в состав КПС элементов.

См. ИТС: Почему при обновлении бюджетной классификации КПС помечаются на удаление https://its.1c.ru/db/metbud81#content:6309:hdoc