Я не оформлена в организации по ИП и ООО, по этому могу ли я делать на себя МЧД по сервису 1С:Отчетность и отправлять отчеты?

Представитель может не быть сотрудником организации, но в МЧД обязательно нужно указать, что представитель является сотрудником организации, иначе могут возникать ошибки при обработке отчетов. Более подробно с информацией по подключению к сервису с сертификатом представителя Вы можете ознакомиться, перейдя по ссылке - https://help.astral.ru/v/151552907