Если мы перемещаем маркированный товар между своими магазинами нужно ли это отражать в системе маркировки?

Если маркированный товар перемещается в рамках одного юридического лица, то нет отражать в системе маркировки такую операцию не нужно. Но если вы перемещаете товар, который вы допродаёте как остаток, закупленный до начала старта маркировки, вы обязаны такой товар промаркировать.