У нас есть 1 контрагент, у которого нескоголько магазинов в симферополе и севастополе. Можно ли как -то эти магазины отдельно вынести, чтобы облегчить ручной ввод адресов и т.д . Но при этом чтобы потом акт сверки по контрагенту был един

У вас в базе должно быть заведено несколько контрагентов
Один - с видом юр.лицо (головной контрагент). Все магазины - как обособленные подразделения
В документе "Реализация товаров" на закладке "Дополнительно" в поле "Грузополучатель" выбрать контрагента-обособленнего подразделения.