После изменения документа в списке он задваивается, появляется дубль документа в 1С: Комплексная автоматизация 2.5. При попытке удалить дубль - оба документа помечаются на удаление.

Такое поведение программы проявляется из-за задвоения ключей реестра документов. В данном случае это один и тот же документ, который дважды выводится в списке. Именно из-за этого при установке пометки на удаление на дубле помечаются оба документа.
Что бы это исправить необходимо войти в функции для технического специалсита, в поиске ввести "Ключи реестра" 

Открыв данный справочник система проанализирует ключи реестров документов в 1С: КА. В верхней части экрана при наличии проблем программа предложит удалить дубли реестра. После исправления реестра дубли исчезнут, в справочнике система укажет на отсутствие проблем (как на скриншоте ниже).