Сотрудник работает по сменному графику, если ночная смена выпала на последний день отпуска с 20-00, должен ли он выйти на работу и как это оформить в ЗУП 3.1 ?

В таком случае в последний отпускной день должен заступить на смену другой сотрудник, т.к.
 работника, находящегося последние часы в законном отпуске, привлекать к труду нельзя.
Очередной рабочей сменой для него будет следующая полная смена.
В ЗУП 3.1 данную ситуацию  можно отразить через документ Индивидуальный график, скорректировав часы.

В ЗУП 3.1 (КОРП) функционал реализован с переносом часов, что позволяет в графиках отразить все часы переходящей смены в день ее начала. Для этих целей предназначена настройка Отражать часы в день начала смены.

Если в последний день отпуска по графику сотрудника запланирована переходящая смена – при включенной настройке программа учтет, что вся смена приходится все еще на период отпуска сотрудника. Никаких дополнительных документов отсутствий для второй части переходящей смены для сотрудника вводить не потребуется.