Сумма, начисленная по больничному листу, не попадает в ведомость на выплату аванса.

Автоматически выплата больничного листа подтягивается только в итоговую ведомость на выплату зарплаты. Если необходимо выплатить больничный  с авансом, можно добавить вручную в ведомость на выплату аванса и подтянуть документ-основание (больничный лист), обновить НДФЛ.