Как добавить в выпуске продукции ингридиент, не входящий в рецептуру? На данный момент стоит настройка По фактическому выпуску.

Необходимо добавить его в карточку блюда как модификатор.
В разделе Справочники в подразделе Товары и услуги найти продукцию, и в ее карточке на вкладке Модификаторы добавить необходимую.

В качестве модификатора могут выступать как продукты, так и товары - режим модификации может использоваться для реализации продукции по акциям. Например, пицца с напитком, где стоимость напитка входит в стоимость пиццы.

Модификатор добавляем в документ Выпуск продукции вручную.

Колчество модификаторов рассчитываем согласно количеству продукции.