Решение о проведении инвентаризации нужно формировать по каждому ЦМО?

Не обязательно. Если проводится общая инвентаризация, например в целях подтверждения достоверности годовой отчетности, можно не указывать отборы в решении- Заполнить по остаткам НФА - будут включены все ЦМО, где есть остатки по балансовым или забалансовым счетам на дату, указанную в поле "Инвентаризация по состоянию на"
Если проводится выборочная инвентаризация в форме подбора остатков можно указать фильтры по ответственным и/или счетам.