При формировании расч. листка за первую половину месяца выводится сумма НДФЛ, которая не должна удерживаться при начислении аванса за первую половину, как настроить в программе, чтобы эта сумма не отражалась, т.к. фактически она уплачена была не в аванс, а в зарплату?

Если в организации расчет аванса предусмотрен Расчетом за первую половину месяца, то производится полный расчет заработной платы за первые дни месяца (с 1 по 15 число).
В расчетном листке выводится все суммы начислений и удержаний из заработной платы, которые зарегистрированны в расчетных документах.
Стоить обратить внимание, что Исчисление НДФЛ выполняется расчетными документами, а удержание и перечесление - ведомость в банк.

Если вы считаете, что с суммы аванса, в том числе расчетом за первую половину месяца не должен быть исчислен НДФЛ, то следует установить соответствующие настройки в учетной политике карточки организации.
На вкладке НДФЛ установить Исчисление НДФЛ с аванса -Не исчислять.
Следует обратить внимание, что в таком случае сумма начисленой зарплаты будет уменьшина только на сумму удержаний, без учета НДФЛ.