Можно ли в БГУ автоматически заполнить единое уведомление по исчисленным налогам (страховые взносы, НДФЛ, имущественные налоги) ?

Начиная с версии 2.0.100.22 такая возможность есть. В документе Уведомление об исчисленных суммах налогов (раздел 1с-отчетность) можно выбрать методом Подбор документы Отражение зарплаты и взносов, Сведения об удержанном НДФЛ и Начисление имущественных налогов