При формировании отчета 6 НДФЛ строка 140 не совпадает со строкой 160 ( исчисленный налог не равен удержанному), почему и допускается ли расхождение?

Да, допускается, не всегда могут совпадать эти строки, т.к. к примеру:
- если натуральный доход или приз, подарок в натуральной форме были выданы в одном отчетном  периоде(сентябрь), а налог с них будет удержан после отчетного периода (октябрь);

-если излишне удержанный налог вернули или зачли в следующем квартале, при это надо проверять дату на Титульном листе, т.к. на момент формирования отчета в октябре эта сумма уже может быть зачтена и строка 180 (Сумма налога излишне удержанная) может оказаться пустой.