В документе Внутреннее перемещение ОС, НМА, НПА при передаче капитальных вложений по счету 106.КС можно указать только один вид затрат, но на счете 106.КС субконто вид затрат- необоротное, т.е. нужно перенести в разрезе видов затрат по каждому объекту. Как это рекомендуете реализовать?

Необоротное субконто "Виды затрат" на счете 106.КС не нужно. Можно на счете 106.КС для субконто "Виды затрат" установить признак "Только обороты". Это сделать можно самостоятельно в плане счетов. Открыть карточку счета, включить возможность редактирования (Еще / разрешить редактирование реквизитов), и установить для субконто "Виды затрат" признак "Только обороты".

При этом затраты, собранные на счете 106.КС по объектам в разрезе видов затрат сохранятся, только не в виде остатков, а в виде оборотов.
Проблема с закрытием остатков при перемещении или списании капитальных затрат по счету 106.КС решится сама собой.

В конфигурации централизовано разработчики этого сделать не могут из соображения, что нельзя просто взять и включить только обороты у субконто для всех сразу. Кому-то это может не понравиться и возникнут претензии.
Но учреждение само это может сделать.

И в связи с тем, что по сути, счет 106.КС становится таким же, как и все остальные счета 106 по учету вложений в ОС, то смысл использовать счет 106.КС пропадает. Поэтому разработчики рекомендуют в дальнейшем не использовать этот счет.