После закрытия смены формируется акт списания ЕГАИС с регистра №2. Остатка на втором регистре у нас давно нет. Как это исправить?

Вам необходимо произвести корректировку остатков ЕГАИС в ИБ
1. Запросите остатки ЕГАИС. Склад-ЕГАИС-Остатки
2. После того как остатки придут. Переходим на вкладку «Корректировка учетных остатков», нажимаем на кнопку «Заполнить по расхождениям», проводим и закрываем документ запроса остатков.

После проведения документа запроса остатков, программа автоматически произведет корректировку остатков в регистрах. На складские остатки данная процедура не влияет.