Как в ЗУП 3.1 настроить кадровый отчет Заполненность штатного расписания, чтобы выводились итоги в целом по организации?
Откройте расширенные настройки отчет по кнопке Еще — Прочее — Изменить вариант отчета.
В «Таблицу» добавьте новую группировку «Организация». 
Далее выделить наименование Организация и перейти на вкладку «Дополнительные настройки».
В поле «Расположение итогов» указать значение «Начало» либо "Конец" в зависимости, где хотите видеть итоги. Подразделение перетянуть в подчинение группировки «Организация», чтобы была иеррархия, как на скриншоте.
В результате будет сформирован отчетс новыми настройками:

