Согласно инструкции, износ по автономным учреждениям должен отражаться на забалансовом счете. Можно ли это реализовать в БП проф?

Такая операция не автоматизирована. В этом случае нужно отменить авторасчет амортизации ОС и ежемесячно вручную отражать амортизацию в дебете забалансового счета, либо оставить заявку программистам на создание внешней обработки.