При формировании отчета "Доходы и расходы" не отражается себестоимость продаж и не видно расходов по результатам списания недостач товаров. Подскажите, что делаем не так???

Расчет доходов, расходов, себестоимости осуществляется при закрытии месяца.
Вам необходимо закрыть месяц ( финансовый результат - закрытие месяца), а потом формировать отчеты.