Сумма по Дт задолженности от контрагента была возвращена вышестоящему учреждению как администратору доходов, но сама задолженность числилась на подведомственном учреждении, как закрыть взаиморасчеты?

Согласно инструкции 157н - п. 262, последний абзац п. 104 Инструкции 162н)
проводки оформляются документом Операция бухгалтерская
Дт 209.30(36) Кт 206.23,
Дт 303.05 Кт 209.30,
Дт 304.04 Кт 303.05