У сотрудницы нет заработка, отработала 2 дня в июне, средний должны брать по начислениям июня, но программа не дает выбрать этот месяц. Как внести средний?

Т.к. заработка нет, а период расчета среднего - 12 месяцев предшествующие месяцу увольнения, средний нужно рассчитать вручную. Сумма начислений за июнь / (кол-во отработанных календарных дней июня*29,3/кол-во календарных дней месяца). Полученную сумму указать на вкладке Начисления в строке Компенсация отпуска в поле Средний заработок.