При увольнении сотрудника в расчетный листок попадает удержание, которое больше суммы выплаты.

В увольнении не нужно руками корректировать периоды работы, только за вторую половину. Документ Начисление за первую половину не производит расчета, а только готовит сумму к выплате, в увольнении должен быть полный расчет с первого числа месяца по дату увольнения.