Не закрывается Заказ клиента, хотя отгрузка по нему была полная, почему?

Потому что в Реализации товаров у Вас товары заполнены не из-за заказа, а сверхзаказа.
Вам необходимо открыть Реализацию товаров - Очистить товары - Заполнить - Заполнить товары по заказам - ок.