Сделали изменение штатного рапсписания для индексации и сразу изменили процент надбавки. Теперь при изменении плановых начислений коэффициент заполняется неправильно. Почему?

Процент надбавки менять не нужно, иначе коэффициент не рассчитается правильно. Нужно изменить в штатном только оклады, создать изменение плановых начислений, коэффициент будет корректный. После этого внести изменения в штатное по процентам надбавки и создать новый документ Изменение плановых начислений, указать новые проценты надбавок. Флажок Индексация в документе не ставить.