Если сотрудница уехала в командировку с 23.09.19 по 25.12.19. А индексация с 01.10.19, то пересчитывать ее командировку с 01.10.19?

Если индексация проводилась после того как документ по среднему был рассчитан, но нужно пересчитать с учетом индексации, необходимо просто пересчитать документ - коэффициент индексации добавляется в табличную часть Начисления.
А если нужно рассчитать пересчитать именно средний с учетом коэффициента индексации, то в документе нужно перевыбрать сотрудника.