При синхронизации зарплата по договоринкам попадает на 70 счет, а надо на 76

Это задуманное поведение программы. Выплаты по договорам ГПХ считаются заработной платной. Если нужно учитывать на 76.10, то можно начисление делать через Выплаты - Незарплатные доходы - Выплата прочих доходов, создать вид дохода, заполнить обложение взносамии и НДФЛ. Если такой вариант не подходит, можно сделать начисление в БП ручной операцией, предварительно удалив из документа отражение зарплаты в бухучете записи по договорм ГПХ.