Некорректно отражаются бюджетные данные по счетам санкционирования после свертки базы на 01.01.2020г., данные переноса на последующие периоды не отражаются, почему?

Документ Закрытие счетов санкционирования (а не Перерегистрация) формируется в конце отчетного года. Формирует проводки по закрытию счетов на конец года, и проводки по перегистрации началом следующего года.
При свертке, как и все документы текущего года помечается на удаление, соответственно распроводится.
Делайте закрытие счетов и другие регламентные операции межотчетных периодов после свертки.