У нас аптека состоит из двух отделов. Нам необходимо оформлять в ИС МДЛП перемещение лекарственных препаратов между отделами?

Если эти отделы внутренние, т.е. у вас одна лицензия на осуществление деятельности с одним местом осуществления деятельности, то такие перемещения оформлять в МДЛП не надо.
А если на каждый отдел у вас своя лицензия и у каждой указано свое место осуществления деятельности, то тогда необходимо оформлять перемещение между местами осуществления деятельности (например, если это обособленные подразделения, хоть и находятся через стенку друг от друга)

Для перемещения лекарственных препаратов используется документ "Уведомление о перемещении между местами деятельности" (рабочее место 1С:Маркировка.МДЛП)
.