У нас Центр ЭКО. Нам нужно пробивать по кассовому аппарату лекарственные препараты?

Нет. По кассовому аппарату вы проводите чек на оказание услуг при приеме денежных средств. Либо если вы будете продавать лекарственные препараты покупателям.
А выбытие лекарственных препаратов на оказание мед.помощи оформляется с помощью Регистратора выбытия. Его вы можете получить бесплатно, оформив документы на получение в "Честном знаке" (ЦРПТ, ФГИС МДЛП)