Провели внутреннюю аттестацию сотрудников, в карточку Т2 информация отразилась, но колонка Основание не заполняется. Где отразить эту информацию, чтобы она попала в карточку?

Колонку "Основание" задумано заполнять только для внешних аттестаций. В нее заполняются данные из колонки "Подтверждающий документ" документа регистрации результатов внешней аттестации.
Для внутренней аттестации (как в вашем случае) основание не заполняется.