Оформляем операцию по эквайрингу на 10 000 руб.. На следующий день банк отправляет денежные средства, за минусом комисии, например, 9 800 руб. Получается, что 200 руб. у нас "зависают". Что мы делаем не так?

Вам необходимо еще создать документ "Отчеты банков по эквайрингу" (Казначейство - Эквайринг).
На закладке "Поступление оплат от клиента" с помощью кнопки "Подбор" подбирается эквайринговые документы (в вашем случае 10 000 руб.), а на закладке "Экв.комиссия" указываете сумму комиссии и статью расходов.
Для контроля воспользуйтесь отчетом "Ведомость движения денежных средств" раздел "Денежные средства в пути". Если вы все верно оформили, остатка на конец не должно быть.