Как настроить в ЗУП-3.1,чтобы отпуск сотрудника (осужденный) считался только по рабочим дням без учёта выходных?

Можно создать свой вид отпуска, и указать что он предоставляется в рабочих днях.
Тогда начисление по такому виду отпуска будет считаться из среднего по шестидневке.
Правда начислять его придется как дополнительный, а поставляемый основной отпуск не начислять (снимать флажок в документе).