На расчетный счет пришли деньги по суду. Как оформить в программе?

Если контрагент, проигравший в суде с организацией, возместил госпошлину и уплатил неустойку, то такая операция не облагается НДС согласно https://its.1c.ru/db/newsclar/content/473301/hdoc
Минфин России подтвердил, что штрафы и пени, полученные продавцами от покупателей за нарушение условий договора, не облагаются НДС (письмо от 09.02.2021 № 03-07-05/8311).
Неустойка как мера ответственности за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств (п. 1 ст. 330 ГК РФ) не связана с оплатой товара в смысле положений ст. 162 НК РФ, поэтому обложению НДС не подлежит. Такое мнение подтверждается судебной практикой (см., например, постановление Президиума ВАС РФ от 05.02.2008 № 11144/07).
При этом от неустойки, обеспечивающей исполнение обязательств, следует отличать неустойку, которая фактически представляет собой элемент ценообразования. В этом случае полученные денежные средства связаны с оплатой товара, с них нужно уплатить НДС.
Аналогичное мнение Минфин России неоднократно высказывал и ранее (см. письма от 26.10.2020 № 03-07-11/93098, от 04.03.2013 № 03-07-15/6333).