Можно ли установить флаг Принять денежные обязательства в документе Отражение зарплаты в учете по умолчанию?

Да. Раздел Учет и отчетность- Типовые операции- Настроить значения по умолчанию. В правом окне выбрать документ-Отражение зарплаты в учете; в левом окне нажать Обновить- раскрыть список типовых операций- раскрыть операцию Отражение зарплаты- установить для реквизита Принять денежное обязательство значение Да (только для текущего пользователя и/или для всех пользователей)