Можно ли настроить программу так, чтобы зарплата менеджеров исчислялась по конкретной формуле. Например, процент от продаж?

Да, можно. Сначала необходимо сделать Параметры расчет, т.е. наши показатели для формулы.
Справочник "Параметры расчетов" можно найти в разделе Персонал-Начисления и удержания
При создании Параметра расчета снять галку Задавать значения при расчете зарплаты. Затем выбрать Источник-Учетная информация-Продажи-ПродажиОбороты
и поставить галку Сумма оборот.
ЗАтем в справочнике Начисления и Удержания необходимо создать новое Начисление, в котором прописать формулу с созданным нами показателем. Затем данное начисление добавить необходимым сотрудникам. После этого программа будет считать зп автоматически в документе Начисление зарплаты