В документе "Вывод из оборота" есть поля "Вид первичного документа", "Номер первичного документа", "Дата первичного документа". Какие документы нужно там указывать?

Данные поля, согласно постановлению правительства являются не обязательными к заполнению. Первичными документами могут быть, например: накладные, УПД и прочие документы бухгалтерской отчетности.