Как настроить отчет, чтобы остатки товаров по складам были в столбцах, а номенклатура по строкам.

Открыть отчет "Ведомость по товарам на складах" и сделать структуру следующую:
Строки: номенклатура
Колонки: склады
В выбранных полях оставить "конечный остаток"