Есть ли в программе возможность создавать счет-фактуры автоматически, не нажимая каждый раз гиперссылку "Создать счет-фактуру"?

Да, начиная с версии 1.6.27 появилась такая возможность.
В документах "Расходная накладная", "Корректировка реализации", "Заказ наряд", " Акт выполненных работ" внизу документа необходимо поставить галку УПД. После проведения документа счет-фактура создастся автоматически. Настройку также можно сделать и в карточке договора контрагента, тогда при выборе договора галка будет подставляться автоматически.