Есть ли возможность в УНФ вести учет комплектов, в состав которых входит прослеживаемый товар (согласно требованию Федерального закона от 09.11.2020 № 371-ФЗ)?

Да, такая возможность реализована, начиная с версии 3.0.1.
В карточке номенклатуры прослеживаемого товара должна также стоять галка Прослеживаемый товар в составе комплекта