В Федеральном законе №63-ФЗ "Об электронной подписи" в статье 9 сказано, что при использовании простой электронной подписи необходимо наличие нормативных правовых актов и (или) соглашения между участниками электронного взаимодействия. Означает ли это, что учреждение должно заключать соглашение с каждым сотрудником-подписантом?

Не обязательно. Формат, каким образом между Учреждением и работниками-подписантами будет заключено соглашение, законодателем не регламентируется. Это может быть отражено в нормативном акте, регламентирующем внутренний документооборот в учреждении, с которым должны ознакомиться все участники электронного взаимодействия, прописано в должностных инструкциях и т.д.