Можно ли при создании Заказа клиенту понять, какой товар уже есть на складе, а какой нужно заказать в 1С:Управление торговлей? (УТ)

Да, но только если функциональность заказов установлена как "Заказ со склада и под заказ". В табличной части уже будет доступный остаток на складе, так же можно воспользоваться рабочим местом Состояние обеспечения заказов (В разделе Склад)

Включить полную функциональность заказов можно в НСИ и Администрирование - Продажи - Использование заказов.

Менять функциональность заказов в процессе работы не рекомендуется.