По договору аренды перечислен обеспечительный платеж. Как закрывать расчеты по аренде, чтобы не затрагивать остаток по нему?

В этом случае при отражении поступления услуг аренды закрывать авансы по документу, т.е. выбирать вариант закрытия расчетов По документу с его выбором.