Как определить по какому счету(205.41 или 209.41) учитывать пени, начисленные за неисполнение договора поставщику?

Для начисления дохода в виде пени необходимо использовать счет 209 40 "Расчеты по суммам принудительного изъятия". Основным критерием при выборе счета – 205 00 или 209 00 является регулярность получения дохода. Если учреждение получает доход на постоянной основе в рамках уставных видов деятельности, используется счет 205 00, если же это разовые платежи – счет 209 00.
Подобное разделение доходов обусловлено требованиями п. 5 ст. 50 ГК РФ. В соответствии с ним некоммерческая организация, уставом которой предусмотрено осуществление приносящей доход деятельности (кроме казенного и частного учреждений), должна иметь достаточное для осуществления этой деятельности имущество рыночной стоимостью не менее минимального размера уставного капитала, предусмотренного для обществ с ограниченной ответственностью.
Счет 205 00 как раз и предназначен для обобщения информации о доходах, получаемых учреждением от приносящей доход деятельности, осуществляемой в соответствии с уставом.
Поскольку неустойки регулярными доходами не являются и зависят от исполнения договора конкретным поставщиком, в рассматриваемом случае применяется счет 209 40.